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Die Geschäftsführung hat für die Ausführung der Aufgaben im Rahmen der Beschlüsse der Gesundheitsplattform und des Ständigen Ausschusses zu sorgen (vgl. § 11, NÖ Gesundheits und Sozialfonds-Gesetz 2006). Sie besorgt eigenverantwortlich und selbstständig die laufenden Geschäfte, welche aufgrund der Umsetzung der Beschlüsse erforderlich sind.
Die Bestellung oder Abberufung eines Geschäftsführers/einer Geschäftsführerin erfolgt durch die NÖ Landesregierung, wobei zuvor eine Stellungnahme der Gesundheitsplattform einzuholen ist.
Die nähere Regelung über die Aufgaben der Geschäftsführung erfolgt durch die Geschäftsordnung, die der Ständige Ausschuss beschließt. Die Geschäftsführung hat zur Erfüllung dieser Aufgaben eine interne Einteilung in mehrere Fachbereiche getroffen
(siehe Organigramm). 
Weitere Informationen zu den einzelnen Tätigkeiten sowie eine Auflistung mit den Kontaktdaten der Ansprechpartner finden Sie im jeweiligen Fachbereich.
Die Aufgaben der verschiedenen Fachbereiche des NÖGUS werden gemäß dem Gesetz über die Errichtung der NÖ Landeskliniken-Holding von Mitarbeitern der NÖ Landeskliniken-Holding ausgeführt. Zu diesem Zweck wurde von der NÖ Landeskliniken-Holding die Geschäftsstelle NÖGUS errichtet. Der Fachbereich Medizin/Qualität wird hauptsächlich von der Abteilung strategische Qualitätsentwicklung der NÖ Landeskliniken-Holding abgedeckt.