Die Aufgaben des NÖ Gesundheits- und Sozialfonds werden von den Organen Gesundheitsplattform, Ständiger Ausschuss, Gesundheitskonferenz und der Geschäftsführung erfüllt.
Das oberste Organ ist die Gesundheitsplattform. Diese findet zweimal im Jahr in St. Pölten statt.
Die Gesundheitsplattform trifft Grundsatzentscheidungen für Planung, Steuerung und Qualitätssicherung, sowie Finanzierung des NÖ Gesundheitswesen (vgl. § 6 und 7, NÖ Gesundheits- und Sozialfonds-Gesetz 2006). Sie ist Trägerin der Gesundheitsreform des extra- und intramuralen Bereichs.
Der Ständige Ausschuss gibt die Gesundheitsziele, die unmittelbar damit zusammenhängenden sozialpolitischen Ziele für die Krankenanstalten und den Bereich der sozialpsychiatrischen Versorgung in NÖ vor. Weiters legt er die Budgetvorgaben fest, beschließt die Verteilung der Mittel des NÖGUS sowie der Strukturmittel und trifft die Entscheidungen für alle aus den Agenden des NÖGUS erwachsenden Belange (vgl. § 8 und 9, NÖ Gesundheits- und Sozialfonds-Gesetz 2006).
Der Ständige Ausschuss findet viermal im Jahr in St. Pölten statt.
Die Geschäftsführung hat für die Ausführung der Aufgaben im Rahmen der Beschlüsse der Gesundheitsplattform und des Ständigen Ausschusses zu sorgen (vgl. § 11, NÖ Gesundheits- und Sozialfonds-Gesetz 2006).
Die Gesundheitskonferenz wurde zur Beratung des NÖ Gesundheits- und Sozialfonds eingerichtet (vgl. § 10, NÖ Gesundheits- und Sozialfonds-Gesetz 2006) und wird zweimal jährlich in St. Pölten abgehalten.